王将戦七番勝負は挑戦者に先勝を許したが、第2局で追い付いてタイに。そして叡王戦、朝日杯、NHK杯戦でも白星を重ねて、2026年の好スタートを切った。

※対局予定棋士の名前の後の()内は藤井から見た過去の対戦成績。

1月7日に第11期叡王戦本戦1回戦で山崎隆之九段と対戦。山崎の四間飛車に藤井は居飛車穴熊に潜り、堅さ対バランスの戦いとなった。藤井の攻めが続くかの長い中盤戦から、うまく手を作ることに成功。以下は最後まで玉の堅さを生かす展開で押し切った。
　
1月11、12日に第74期ALSOK杯王将戦七番勝負第1局で永瀬拓矢九段と対戦。角換わり腰掛け銀から、先手の永瀬が攻めて後手の藤井が受ける展開になる。永瀬ペースが続く中で粘り強く指し、一時はチャンスも訪れるが、時間のない中で再逆転。その後は永瀬に的確に押し切られた。

1月18日に第19回朝日杯将棋オープン戦本戦で菅井竜也八段と対戦。先手の菅井は中飛車から穴熊へ。藤井は強気の決戦を挑むが、菅井も堅さを頼りに応じる。穴熊を生かした鋭い食い付きから、はっきりと菅井が勝勢となる。しかし何か錯覚があったようで、決め損なって形勢は混沌としてくる。流れが来てからは好手を連発し、藤井が大逆転勝ちを収めた。

同日に行われた2回戦では斎藤慎太郎八段と対戦。斎藤が先手で矢倉の出だしから、互いに居玉のまま歩がぶつかる力戦模様の将棋に。先手が押し込みそうなところで後手もバランスを保ち、徐々に藤井がペースをつかむ。リードを奪ってからは鋭く攻め、一気に先手玉を寄せ切った。2月11日に行われた準決勝では佐藤天彦九段(7勝1敗)と対戦。